Organisaation ylin johto asettaa ympäristötavoitteet. Ympäristötavoitteet täyttävät seuraavat vaatimukset:

• ne ovat johdonmukaisia ympäristöpolitiikan kanssa
• ne ovat mitattavissa
• niissä otetaan huomioon sovellettavat vaatimukset
• ne ovat merkityksellisiä ympäristönsuojelun tason parantamisen ja kielteisten ympäristövaikutusten vähentämisen kannalta.
• niitä seurataan, niistä tiedotetaan ja niitä päivitetään tarpeen mukaan.

Ympäristötavoitteiden dokumentoinnin yhteydessä määritellään myös tarvittavat ylätason parannukset ja tehtävät, tarvittavat resurssit, vastuuhenkilöt, määräajat ja tulosten arviointimenetelmät tavoitteiden saavuttamiseksi.

Ylimmällä johdolla on keskeinen rooli sen varmistamisessa, että ympäristöjärjestelmä toimii tehokkaasti. Heidän on osoitettava näkyvää tukea, tehtävä tietoon perustuvia päätöksiä ja annettava organisaatiolle kaikki, mitä se tarvitsee ympäristövastuunsa menestyksekkääseen hoitamiseen.

• Ota kokonaisvastuu siitä, miten hyvin ympäristöjärjestelmä toimii, ja varmista, että se on osa jokapäiväisiä liiketoimintaprosesseja.
• Asettaa ympäristöpolitiikka ja -tavoitteet siten, että ne heijastavat organisaation tilannetta, tavoitteita ja strategista suuntaa.
• Tunnistaa lakisääteiset vaatimukset, asiakkaiden odotukset, luvat ja muut velvoitteet, jotka ohjaavat organisaation ympäristötyötä.
• Varaa ympäristötavoitteiden saavuttamiseen tarvittavat ihmiset, budjetti, välineet ja aika.
• Viestitä, miksi ympäristönsuojelu, prosessiajattelu, saastumisen ehkäiseminen ja riskien hallinta ovat tärkeitä.
• Seurataan, tuottaako ympäristöjärjestelmä odotettuja ympäristötuloksia.
• Kannustetaan ja tuetaan työntekijöitä, jotta he voivat edistää ympäristöjärjestelmän tehokkuutta.
• Edistetään sekä ympäristöjärjestelmän että yleisen ympäristönsuojelun tason jatkuvaa parantamista.

Ylin johto määrittelee myös ympäristöjärjestelmän soveltamisalan ja dokumentoi sen selkeästi. Tähän sisältyy päätös siitä, mitkä toiminnot, tuotteet, palvelut ja toimipaikat kuuluvat ympäristöjärjestelmään, ja mahdollisten poikkeusten perusteleminen perustellulla ja vaatimustenmukaisella tavalla.